在这次事件以后，伯格有了新的任务，他前往耶拿大学(Jena University)攻读医学。在当时，学医是通向精神病学的唯一途径。他的根本目标是要发现“心理能量”的生理基础，或者以他的话说，是“探究大脑客观活动与主观心理现象的相关性”。1897年，伯格获得了医学学位，随后加入了奥托·宾斯万格(Otto Binswanger)的团队，宾斯万格当时是耶拿精神病诊所的精神病学和神经病学领头人。1906年，伯格成了一名合格的大学高级讲师，并于1912年成为一名主治医生。

在有生之年，伯格尝试了很多方法来测量大脑活动，包括记录狗的大脑皮层的电活动。他还研究了科学家理查德·卡顿(Richard Caton)的工作。卡顿用一个电流计来观测活体动物大脑表面的电脉冲。伯格充分肯定了卡顿之前的研究，这些研究也奠定了伯格在人类大脑方面研究工作的基础。然而，伯格在动物实验方面的进展甚微，他放弃了动物实验，开始专注于人体大脑的研究。伯格1910年12月3日的日记反映了这一点，他写道：“决定结束对狗的大脑皮层的实验——转而观察人类大脑皮层…..”

接下来的10年动荡不安，第一次世界大战使伯格的生活和研究都受到了严重的影响。“一战”期间，伯格服役于西部前线法国赫泰勒的一家军区医院，直到战争结束前夕才回到德国。伯格被任命为耶拿精神病诊所的院长，他开始重新记录脑电活动。