海洋酸化对那些需要合成碳酸钙外壳和骨骼的珊瑚、浮游生物、贝类水生动物，以及依靠这些生物体获得食物和栖息处的海洋生物来说，都大大不妙。

而这也是为什么我们在潜水中“看到”的蟹、龙虾的外壳被腐蚀、珊瑚变白的原因。它们的外壳和骨骼是由碳酸钙构成的，而酸能腐蚀碳酸钙；变酸的海水会直接影响小丑鱼等听力非常灵敏的鱼类的耳骨生长，使它们的听觉减弱，察觉危险的能力大大下降。即使pH只有略微的下降，也会使这些生物体难以生长外壳或骨骼；那些已经形成的外壳或骨骼也会溶解掉。

珊瑚无法移动，是珊瑚虫的骨骼在数百年至数万年的生长过程中形成的。珊瑚虫身体呈圆筒状，有八只及八只以上的触手，触手中央有口，能够伸出来捕食。因为多孔性和枝状生长，还能给许多微生物和鱼类居住，又被称为“活石”,主要产在热带海中。

珊瑚的颜色与其共生的藻类有关，如虫黄藻。在高温的环境或浑浊含泥沙的水流下，当珊瑚体内的共生藻死亡或离去时，会造成珊瑚白化的现象。

科学家认为，珊瑚礁为鱼类和其他动物提供了生活环境。珊瑚礁生态系统也被称为“海洋中的热带雨林”,约25%的海洋物种依赖于珊瑚礁的生存。而一旦珊瑚礁消失，也会带来某些鱼类和无脊椎动物数量的减少，甚至是灭绝。

珊瑚在长达25亿年的演变过程中保持了顽强的生命力，然而珊瑚能抵御地球以万年为单位的生态变化，却不能应付人类近百年带来的快速环境变动。2004年由联合国环境规划署提供的数据表明，全世界的珊瑚礁有11%遭灭顶之灾，16%已不能发挥生态功能，60%正面临严重威胁。